Estudio Exploratorio de la Aplicación de la Programación Concurrente por Restricciones en Bioinformática
(Applying Concurrent Constraint Programming to Bioinformatics: An Exploratory study)


Abstract
In this work, the application of Formal Methods to analyse biological systems following a mathematical, logical and computational approach is studied. In particular, we propose a computational framework based on the use of the Concurrent Constraint Process Calculus ntcc, in order to model, simulate and verify properties over reactive systems representing biological ones. This framework provides (i) a set of generic ntcc processes and a set of differential equations' ntcc encodings to model Genetic Regulatory Networks, (ii) a simulation tool for the Calculus, and (iii) a proof system of computational properties by using a Temporal Logic.

Resumen
En este trabajo de grado se estudia la aplicación de Métodos Formales para el análisis matemático, lógico y computacional de sistemas biológicos. En particular, se propone una plataforma computacional basada en el uso del Cálculo de Procesos por Restricciones ntcc para modelar, simular y verificar propiedades sobre sistemas biológicos. Esta plataforma provee un conjunto de procesos genéricos y de codificaciones de ecuaciones diferenciales en ntcc para modelar Redes de Regulación Genética, una herramienta de simulación del Cálculo, y un esquema de prueba de propiedades usando una Lógica Temporal.


Full thesis in Spanish (PDF)